至尊仙灵中的宝石系统是非常独特的，不同于其他游戏中的宝石系统，角色多数游戏的宝石系统都需要玩家进行合成、镶嵌、升级等繁琐的步骤，投入大量的精力与金钱却不一定能够得到想要的结果。
宝石是与玩家角色的部位绑定的，并不与装备绑定。也就是说，玩家只要将宝石的等级提升了，那么玩家装备任何装备，都可以获得宝石的属性加成。
并且仙灵中的宝石只需要激活，不需要玩家购买、合成、镶嵌，可以说是既方便又有趣的系统。
已激活宝石：已经激活的宝石将给玩家带来属性的加成。
未激活宝石：还未激活的宝石是不会带来属性加成的。
激活消耗：每次激活宝石都会消耗掉宝石精华、真气，同时激活并非100%成功。
强化属性：显示当前要激活或升级的宝石的加成属性。
切换部位：玩家点击强化属性页面上方的箭头，可以快速切换激活或升级的部位。
激活宝石：
激活宝石非常简单，玩家只要打开宝石界面，然后选择需要激活宝石的装备部位，然后点击下方的激活按钮即可。
升级宝石：
已经激活的宝石还可以继续升级，升级过的宝石可以提供更加强大的附件属性。
每个宝石最高可以升到六级。
玩家每点击一次升级，该位置的宝石将获得一定的经验值，经验值累计到上限宝石就会升级，并提供给玩家更强大的附加属性。此时轮盘会顺时针旋转，玩家就可以开始升级另外一颗宝石了。
玩家可以选择升级哪一个部位的宝石，但是无法选择升级该部位的哪一个宝石，宝石升级的顺序是固定的。
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